为了构建由双CMV启动子调控的真核双顺反子表达载体pcDNA3.1AB，首先在pcDNA3.1(+)的基础上，构建出pcDNA3.1A和pcDNA3.1B，通过PCR扩增pcDNA3.1A上含-PCMV-MCS-BGHpolyA-表达单元的片段，定向克隆入pcDNA3.1B，即得载体pcDNA3.1AB。将DsRed与EGFP基因插入pcDNA3.1AB，分别构建pcDNA-DsRed、pcDNA-EGFP和pcDNA-DsRed-EGFP。质粒转染COS-7细胞瞬时表达，用荧光显微镜进行检测。结果双价质粒pcDNA-DsRed-EGFP能同时表达红色和绿色荧光蛋白基因，两基因表达强度无显著差异，且双价与单价质粒相比荧光蛋白表达强度相当。双顺反子表达载体pcDNA3.1AB的成功构建和表达，为进行基因表达及双价核酸疫苗的研究奠定了基础。

本研究将CCK33基因四串体片段克隆到原核表达载体pBCX上，成功构建重组表达质粒pBCX-4CCK33。将其转化大肠杆菌BL21中表达，经SDS-PAGE可检测到分子量约为53 kDa的融合蛋白，最高表达量占菌体总蛋白的30.08%，蛋白可溶性分析表明，融合蛋白主要是以可溶性形式表达。Western-blotting证实，可溶表达的融合蛋白与CCK-8阳性血清具有良好的免疫反应性。将纯化的可溶性融合蛋白制成油乳剂疫苗，主动免疫蛋鸡，ELISA检测结果表明，该融合蛋白能在鸡体内引起免疫。用含CCK抗体的蛋黄粉饲喂82天龄肉猪，试验结果表明，在肉猪饲料中添加100g/t含CCK抗体蛋黄粉，试验期间平均日增重和采食量与阴性蛋黄粉组相比，分别提高6.64%和8%，差异显著（P<0.05）。

采用PCR方法从绿脓杆菌ATCC27853菌株基因组扩增其外毒素A（PEA）全长编码基因，并将PEA基因插入到pcDNA3.1A真核表达载体中，构建成pcDNA3.1/ PEA质粒表达载体。经磷酸钙介导将重组质粒转染 HEK293T 细胞进行表达。结果表明本文克隆的PEA基因与标准菌株PA103碱基序列基本相似，同源性达99%。表达产物经蛋白免疫印迹法（Western-blot）检测，表明本文构建的含有原基因信号肽的PEA基因能够在真核细胞进行分泌性表达,这为基于PEA的免疫毒素、疫苗佐剂和疫苗载体的研究奠定了基础。

奶牛GHR基因CRS-PCR多态性及其与产奶性状的关联分析

根据Genbank上发表的鸡和鸭等物种的脂联素基因序列的同源保守区域，设计了3对特异性引物，以鹅血液基因组DNA为模板，经扩增、测序及拼接得到了由2个外显子和1个内含子组成的鹅脂联素基因。该基因编码区长738bp，编码245个氨基酸，编码区核苷酸序列及所编码氨基酸序列与鸭的同源性最高，分别为94.85%和95.51%，与鸡的同源性次之，而与哺乳类的同源性较低。蛋白预测的分子量和等电点分别为26603.3 Da、5.19，与鸡、鸭、人及小鼠的脂联素蛋白相似。半定量PCR结果显示鹅脂联素基因在骨骼肌、脂肪、心脏、肌胃中高度表达，在小肠、腺胃、肾、肺中中度表达，而在肝脏、脾、卵巢、间脑中低度表达。本试验结果为进一步研究脂联素的功能及作用机制奠定了基础。

利用14对蓝孔雀和绿孔雀的微卫星标记对白孔雀基因组DNA进行扩增，发现都能扩增出特异性条带，每对引物扩增的平均等位基因数为1.71，有7对引物具有较丰富的多态性，其中MCW0080和MCW0098最为理想。白孔雀与蓝孔雀和绿孔雀群体的遗传多样性分析结果表明，白孔雀、绿孔雀和蓝孔雀3个群体的杂合度和遗传多样性水平都很低，期望杂合度分别为0.2579、0.2482和0.2744，群体间的遗传分化系数为9.7%，群体间分化极显著(P<0.001)，白孔雀与蓝孔雀的亲缘关系最近， Reynolds'遗传距离和基因流分别为0.0295和8.6112。本试验结果支持白孔雀不能成为蓝孔雀的一个亚种而只是一个品系的观点。

采用77对微卫星引物对奥利亚、尼罗和橙色莫桑比克三种罗非鱼基因组DNA进行PCR扩增，筛选出17个微卫星鉴定位点，其中奥利亚罗非鱼的特异位点UNH636、UNH117、UNH172、UNH738、UNH878、UNH896；尼罗罗非鱼的特异位点UNH913、UNH907、UNH222、UNH980 、UNH880和橙色莫桑比克罗非鱼的特异位点UNH876、UNH899、UNH853、UNH932、UNH933、UNH773，任意一个位点可在其中一种罗非鱼中扩增出其它两种罗非鱼不具有的条带，从而将这种罗非鱼与其它两种区分开来。利用这17个位点检测三种罗非鱼的遗传结构，共检测到142个等位基因，平均等位基因8.35个，数据经Popgen32计算和MEGA4软件作图，进行了聚类分析，确立了三种罗非鱼的亲缘关系。结果表明，奥利亚、尼罗、橙色莫桑比克三种罗非鱼的平均观测杂合度分别为0.0941、0.5490、0.2588，平均期望杂合度分别为0.1089、0.7230、0.2608，平均多态信息含量分别为0.0869、0.7149 、0.1643，由此可见，尼罗罗非鱼群体的遗传多样性水平最高，奥利亚罗非鱼群体遗传多样性最低；聚类分析显示奥利亚群体和橙色莫桑比克群体间的亲缘关系较近，与前人研究结果一致。

利用102对微卫星引物对5份黑麦（Secale）、4份普通小麦（Triticum aestivum）和1份分枝小黑麦（Triticale）进行SSR分析，引物Xgwm614能在分枝小黑麦中扩增出一个387bp的特异DNA片段（记为FZ387，GenBank登录号为EF179137），而黑麦未能扩增出。序列比对结果显示该片段与一粒小麦（T. monococcum）（AY485644）和栽培二粒小麦（T. turgidum）（AY494981）A基因组中Gypsy Ty3-LTR反转座子fatima的一部分分别有94%和95%同源性。根据序列同源性比对结果，在FZ387内部设计1对特异引物FaF和FaR。引物Xgwm614F和FaR能在含有A基因组的物种中扩增出约350bp的条带（记为A350），而其不含A基因组的物种都未扩增出该条带。利用小麦二体和端体代换系材料对其进行定位，结果显示该片段分布在所有A染色体的长臂和断臂上。此外，引物FaF和Xgwm614R能在含有A、B或AB基因组的物种中扩增出约350bp的条带（记为AB350），而不含AB基因组的材料未扩增出目标条带。利用这两对特异引物对小麦属近缘物种进行PCR扩增，发现只有中国春能够扩增出A350和AB350。序列比对结果和FZ387两侧SSR引物结合区的规律性变化表明该反转座子在进化上可能存在属间多样性和属内相似性。A350和AB350也可以分别作为分子标记检测A染色体和AB染色体。

CIPK（CBL-interacting Protein Kinase）在植物非生物胁迫信号转导中起重要作用。应用电子克隆的方法在玉米中克隆了一个cDNA全长为1395bp的蛋白激酶基因ZmCIPK1（GenBank接受号为EF158034）。其编码的蛋白含有465个氨基酸，分子量为51.98KD，等电点为6.92。推断的ZmCIPK1催化结构域中包含蛋白激酶催化结构域保守的11个亚结构域， 蛋白C端具有植物CIPK蛋白家族特有的包含24个氨基酸的NAF结构域。半定量RT-PCR结果表明，在甘露醇、氯化钠、ABA和4°C低温诱导时，ZmCIPK1在玉米幼苗叶片中表达量明显上调，在24小时内保持较高的转录水平。试验结果表明，ZmCIPK1是一个新的玉米蛋白激酶基因，响应多种非生物胁迫信号。

以芥菜(Brassica Juncea Coss.)的子叶为外植体，通过根癌农杆菌（Agrobacterium tumefaciens）的介导，将商陆抗病毒蛋白（PAP）基因导入到芥菜中。对所获得的40株抗性植株进行PCR扩增，其中阳性植株为29株；Southern blot分析结果证明PAP基因已被整合到芥菜基因组中，在大多数转基因植株中外源基因呈单挎贝，少数为双挎贝；Northern blot分析结果表明，PAP在转基因植株中正常表达。转基因植株接种病毒试验初步结果表明，转PAP基因的植株对TuMV的侵染有一定的抑制作用。

摘要：利用植物激素ELISA方法测定和分析不同叶序玉米的不同组织、不同生育期内源细胞分裂素（ZRs、DHZRs、iPAs）、内源生长素（IAA）含量差异，结果表明：不同叶序玉米在不同生育期幼胚、成熟花粉、成熟叶片内源ZRs、DHZRs、iPAs和IAA均无显著差异；不同生育期对生叶序玉米幼苗顶端分生组织、成熟苗顶端雄幼穗ZRs、DHZRs、iPAs含量显著高于的互生玉米，IAA含量在两者之间无显著差异；对生叶序玉米幼苗顶端分生组织、成熟苗顶端雄幼穗CTK/IAA比值显著高于同期近等基因系互生叶序玉米.但在不同生育期幼胚、叶片及花粉内均无显著差异。对生叶序的形成与生长点组织细胞分裂素含量增加密切相关,玉米生长点CTK/IAA域值的稳定和变化是调节叶序稳定和变异重要因素。三类内源细细胞分裂素同步增加预示该对生叶序突变的分子基础可能是细胞分裂素合成基因上游调控基因的变异所致。

苏云金芽胞杆菌杀虫晶体蛋白Cry7Ba1需要在强碱性缓冲液中(pH12.5)才能溶解，而且只有溶解后才能表现出毒力。分别用Cry1Ac和Cry1C晶体蛋白的C-半段替换Cry7Ba1的C-半段，结果发现当Cry7Ba1的C-半段被替换后，重组晶体蛋白与Cry1Ac和Cry1C等其它晶体蛋白一样在弱碱性条件下(pH9.5)能有效溶解，而且其杀虫活性没有发生明显变化。本研究结果表明Cry7Ba1晶体蛋白难溶的特性是由其C-半段结构决定的，通过改变其C-半段结构改善溶解性，为该晶体蛋白的应用提供了可能。

双效菌素（Zwittermicin A，ZwA）是一种氨基多元醇类新型广谱抗生素，最初是从蜡状芽胞杆菌(Bacillus cereus) UW85中发现的，zmaR为它的抗性基因。在本实验室已测得的苏云金芽胞杆菌（Bacillus thuringiensis）YBT-1520菌株全基因组序列中有ZwA合成基因簇完整序列，分析发现在其末端存在一个类似ABC transporter的序列（命名为zwa-FEG）。将zwa-EFG在大肠杆菌（Escherichia coli）中表达，大肠杆菌能获得对ZwA的抗性；将zwa-EFG转移到产ZwA的菌株UW85中，能使其ZwA产量显著提高。推测zwa-EFG是一种ZwA专一性的ABC transporter，能将ZwA分泌到胞外，从而增强ZwA的合成和对ZwA的抗性。

BIB0830是一株可将泰乐菌素转化为乙酰异戊酰泰乐菌素（AIV）的耐热链霉菌工业菌株。以pIJ8600为载体分别构建了acyB1-B2基因整合型表达载体pBIB425和带红霉素突变启动子ermEp*的红霉素抗性ermE基因整合型表达载体pBIB304。通过大肠杆菌-链霉菌属间接合转移分别将pBIB425、pBIB304和pBIB308（耐热链霉菌的nsdA基因中断载体，本实验室保存）导入工业菌株BIB0830，抗性筛选分别得到接合子BIB425、BIB304和BIB308。PCR验证均为阳性克隆。摇瓶发酵结果表明：与出发菌株BIB0830相比，BIB425和BIB308泰乐菌素转化率分别提高了14%和22%，BIB304无明显影响。

利用具有猝灭青枯菌群体感应信号分子功能的aac基因构建高效植物表达载体，通过农杆菌介导的方法转化烟草，获得了卡那霉素抗性植株57株。经PCR及RT-PCR检测，筛选得到30株阳性转基因再生苗，并证实了目的基因已经整合到烟草基因组中，且在转录水平上得到表达。转基因植株苗期抗青枯病试验表明，16天后转基因烟草较对照植株病情指数降低了51，相对病情指数为56.5％。

玉米大斑病菌（Setosphearia turcica）属半知菌亚门丝状真菌，是严重威胁玉米生产的重要植物病原真菌。本研究克隆了玉米大斑病菌G蛋白β亚基编码基因Stgb-1。Stgb-1基因全长1296bp，由5个外显子和4个内含子组成；开放阅读框（ORF）为1056bp，编码351个氨基酸，蛋白质计算分子量为39.081kDa。STGB1蛋白推导氨基酸序列与Cochliobolus heterostrophus（100%）、Cryphonectria parasitica（80%）、Aspergillus fumigatus（81%）等丝状真菌的G蛋白β亚基编码基因均具有较高的同源性。同时，利用RACE技术和Genomic Walking技术获得了Stgb-1基因3’-末端cDNA和DNA的3’端侧翼序列，BlastN结果表明其cDNA 3’-UTR为136bp，poly(A)由9个A构成。此外，构建了pET28a-Stgb-1原核表达载体，SDS-PAGE检测和Western blot鉴定结果表明，目的蛋白在E.coli BL21菌株中已成功实现了诱导表达，为进一步研究蛋白结构与功能的关系奠定了基础。

利用乳酸乳杆菌选择性培养基SL，从鲜牛奶中分离一株携带两个天然质粒的副干酪乳杆菌MA3。通过寻找的ScaI对未知小质粒pMA3进行酶切，产物连接载体pBK-CMV进行测序，全序列为5089bp，G＋C含量为39.54%。进一步通过生物信息学分析质粒pMA3，该质粒编码四个开放阅读框，其中Rep3是复制起始蛋白，根据复制蛋白的同源性及其基因上游的连续正向重复序列证明pMA3属于pUCL-287 θ-复制型质粒，该质粒GenBank登陆号为EU255257。该质粒的发现为开发具有自主知识产权的食品级乳酸乳杆菌表达载体奠定基础。

对乳糖诱导工程菌株BL-pET-hBD3-Bra表达的人β防御素3和植物des-pGlu1-Brazzein融合蛋白进行了纯化和活性分析。并对工程菌株的乳糖诱导表达条件进行了优化。对目的蛋白的活性分析表明，hBD3-Bra融合蛋白有一定的甜味，但是杀菌活性很弱，经凝血酶切割后，重组hBD3有明显的抑菌活性，des-pGlu1-Brazzein的甜度大约为蔗糖甜度的600倍。乳糖浓度、诱导时间和诱导温度对菌株生长和目的蛋白表达的试验结果显示：高浓度乳糖对菌株生长有抑制作用（P<0.01），对目的蛋白的表达无显著影响(P>0.05)；时间延长对于菌株生长有利（P<0.01），对目的蛋白的表达无显著影响（P>0.05)；温度对菌株生长和目的蛋白的表达均有显著影响（P<0.01）。进一步的研究表明，菌株在30℃-32℃生长，在30℃诱导最优，乳糖和IPTG的诱导结果无显著差异（P>0.05)。

采用PCR方法扩增出苜蓿银纹夜蛾核型多角体病毒（AcMNPV）几丁质酶基因（chiA）编码区1.6kb全长片段，并将该片段分别克隆至原核表达载体pET30a和杆状病毒Bac to Bac表达系统转移载体pFastBac中，分别在大肠杆菌（E. coli）BL21(DE3)和草地贪夜蛾细胞系Sf-9中进行了表达。SDS-PAGE分析表明，在大肠杆菌和昆虫细胞中均有效表达了60kDa的蛋白。将表达产物饲喂5龄棉铃虫幼虫后取其围食膜，扫描电镜结果显示，围食膜结构遭到破坏形成大量孔洞。生物测定结果表明，以上两种表达产物对Bt和NPV均具有增效作用。以AcMNPV ChiA在大肠杆菌和细胞系Sf-9中的表达产物分别与Bt Cry2Ac蛋白混合饲喂棉铃虫幼虫，增效率分别为33.4％和54.5％，其LT50较对照处理分别缩短了17.8h和20.6h；当AcMNPV ChiA在大肠杆菌和细胞系Sf-9中的表达产物分别与甘蓝夜蛾核型多角体病毒（MbNPV）混合处理棉铃虫幼虫时，其LT50与对照比较分别缩短了16.6h和22.4h。

从木霉污染的食用菌菌筒和子实体中分离纯化了49株木霉菌株。采用形态学方法以及ITS/5.8S测序分析，对这些木霉菌进行了分类鉴定。结果表明，中国福建、浙江等省食用菌栽培相关木霉种以哈茨木霉Trichoderma harzianum Rifai和长枝木霉T. longibrachiatum Rifai为主，少量为深绿木霉 T. atroviride Karsten和棘孢木霉T. asperellum Samuels；木霉污染菌的种类与采集地点、食用菌的种类有一定相关，如在浙江庆元香菇Lentinus edodes (Berk.)sing菌筒中分离的木霉主要是哈茨木霉，在广州刺芹侧耳（杏鲍菇）Pleurotus enyngii菌筒中分离的木霉主要是棘孢木霉，而从福建浦城食用菌污染袋中分离的木霉主要是深绿木霉。两种分类方法对木霉鉴定结果基本一致，因此形态学分类方法结合分子生物学方法使食用菌栽培相关木霉种的分类鉴定更准确和可靠。

本研究从2005到2006年中国部分地区鸡场疑似鸡传染性支气管炎病毒感染鸡分离到12株鸡传染性支气管炎病毒，并对其部分生物学特性及基因型进行了研究。发现其中11株病毒分属于LX4和CK/CH/LSC/99I型。通过S1 基因比较、进化树分析、BLAST搜寻以及动物试验等方面研究发现CK/CH/LSD/05I是一株新型变异毒株。动物感染试验表明CK/CH/LSD/05I感染鸡的肾脏病变不明显，仅有20%的感染鸡肾脏病毒分离呈阳性，但100%感染鸡呼吸道病毒分离阳性，表明该病毒不是中国普遍流行的“肾型”毒株，而其对呼吸道具有强的嗜性。同时，试验应用弱毒疫苗H120和本实验室致弱的3株异种毒株进行了动物保护试验，结果显示用CK/CH/LSD/05I攻毒后，这4株异种传染性支气管炎病毒的免疫对气管的保护率很低。初步提示该毒株可能属新的血清型病毒。

大白菜-结球甘蓝异附加系是利用结球甘蓝的优良基因对大白菜进行品种改良的中间材料，在遗传理论研究和育种实践中均具有重要应用价值。本研究以大白菜-结球甘蓝异源三倍体（AAC， 2n=29）与二倍体大白菜（AA，2n=20）回交一代的自交后代为材料，经过细胞学鉴定，从中筛选出大白菜-结球甘蓝4号单体异附加系，对其减数分裂和植株性状进行了观察与调查。该异附加系的获得为研究芸薹属A、C基因组的亲缘关系，以及向大白菜中导入结球甘蓝的优良基因，扩大种质遗传背景提供了基础材料。

两年同地种植协青早B//协青早B/东乡野生稻BC1F5群体的202个株系，利用含149个DNA标记的连锁图谱，检测到23个产量性状QTLs，包括每株穗数2个、每穗实粒数4个、每穗总粒数6个、结实率5个、千粒重4个和单株产量2个；有9个QTLs的增效等位基因来自东乡野生稻，包括每株穗数2个、每穗实粒数1个、每穗总粒数5个和千粒重1个，其中6个与前人应用野栽群体检测到的产量性状QTLs位于相似区间。这23个QTLs分布于除第11染色体外的所有水稻染色体中，其中18个形成8个QTL簇，含增效等位基因来自野生稻的2个、来自协青早B的4个，以及效应方向发生变化的2个。这些结果为东乡野生稻增产等位基因的发掘提供了基础。

本研究利用SSR标记技术对56份梨资源进行了遗传多样性分析。利用筛选出的6对SSR引物共扩增40条谱带，其中多态性位点38个，多态性位点比例为95%，每对引物产生有效等位基因6.3个。各位点期望杂合度H值在0.0354～0.491，平均为0.1964；有效等位基因Ne值在1.0367～1.9648，平均值为1.2958；香农指数I值平均值为0.3256，说明了供试梨材料的遗传多样性较低。利用SSR标记可将44个栽培品种区分开，但无法区分芽变和原种。根据SSR标记揭示的多态性，采用NTSYS-pc软件，以UPGMA法进行聚类分析，结果显示所检测的56份梨材料在相似系数0.71处可分为4组，其中中国的白梨、秋子梨和砂梨相互交错在一起，没有独自各自成组。

利用SRAP技术对10种不同叶形荆半夏的遗传多样性及亲缘关系进行了分析。40对SRAP引物中有39对表现多态性，共获得632条多态性带，平均每个引物产生16.2个多态性条带。根据SRAP标记的结果，采用UPGMA法进行聚类分析，遗传相似系数为0.105～0.978，将10种不同叶形荆半夏划分为5类：聚类结果很明显地将三叶荆半夏和五叶荆半夏区分为两大类；三叶半夏大类中又可分为4个亚类：Ⅰ类：无缺刻的耳叶形荆半夏、尖叶形荆半夏、圆叶形荆半夏、叠叶形荆半夏、窄芍药形荆半夏和芍药形荆半夏；Ⅱ类：耳叶形荆半夏（缺刻）；Ⅲ类：宽狭叶形荆半夏；Ⅳ类：狭叶形荆半夏。该研究为半夏属植物的鉴定和遗传研究提供了新的DNA分子标记技术手段，并从分子水平上揭示荆半夏的遗传背景、亲缘关系。

为了获得新城疫病毒（NDV）HN蛋白单克隆抗体1E5识别的抗原位点, 以NDV LaSota株HN蛋白的单克隆抗体（mAb）1E5为靶分子，采用噬菌体随机7肽库进行亲和筛选，并用间接ELISA和竞争ELISA鉴定阳性克隆。最终得到4组可用的7肽序列，同源性分析表明展示肽序列与HN蛋白的388~395氨基酸具有较高的同源性，所以它们的共有序列L * * * PNT是抗原表位的骨架结构。这个表位的位置与以往的文献报道不同，它很可能是新城疫病毒HN蛋白的另一个重要的抗原位点。

以玉米黄早四幼苗叶片为材料，通过RT-PCR扩增后获得玉米磷酸丙糖转移蛋白(Triose phosphate translocator．TPT)cDNA 全长片段，对其进行序列分析。结果表明：分离的目的片段核苷酸序列与报道的相比同源率为99.9％，只有1个碱基发生改变。将得到的玉米 cDNA与CaMV35S启动子和NOS终止子融合，构建了正义表达载体，通过根癌土壤杆菌介导转化烟草，转基因植株经PCR和Southern杂交检测，证明TPT基因已整合到烟草基因组上

杆状病毒是昆虫专一性的病原病毒。自八十年代成功开发了杆状病毒作为外源基因的表达载体系统以来，该技术有了很大发展并得到了广泛应用。近年来杆状病毒除应用于表达系统、生物杀虫剂外，在表面展示系统、作为哺乳动物基因转移的载体、固定外源蛋白质以及作为生物纳米材料等方面都出现了一些新的发展动向。

陈莉等对2000年以前RNA研究的网络资源进行了综述。但2000年以来，RNA特别是非编码RNA的研究取得了很多引人注目的新进展，成为现代生物学研究的最热门领域之一。本文综述了2000年以来的非编码RNA网络资源取得的新进展。总结了至2007年5月非编码RNA的序列数据资源、结构数据资源、在线工具和分析软件资源。检索统计和整理分析表明：1）非编码RNA序列数据库有50多个，包含30多万套序列数据。NONCODE和RNAdb等重要综合序列数据库侧重收集各类非编码RNA序列的原始数据；miBase、miRNAMAP、HuSiDa等专门序列数据库侧重收集某类特定非编码RNA序列及相关信息；2）非编码RNA结构数据库有13个，包含实测结构数据约1,200套和一些预测的二级结构数据。NDB和PDB只收录实测结构数据，Rfam和CRW则提供了预测的某类群非编码RNA的二级结构信息，SCOR、RAG、MeRNA还提供了实测结构的二次挖掘数据；3）RNA的在线工具和分析软件约有30个。基于最小自由能的Mfold为RNA二级结构预测的常用软件，miRanda、TargetScan、PicTar和RNAhybrid主要用于预测miRNA的靶基因，Ambion、Invivoge生物公司和Whitehead研究所网站提供了siRNA的在线设计工具，PHYLIP、MEGA和PAUP*为常用的RNA同源进化分析软件。本文最后分析了目前非编码RNA网络资源存在的问题和不足，并展望了未来的研究方向，指出开发非编码RNA的跨库搜索引擎，序列和结构信息的二次挖掘软件，以及具有科学实证基础的二级结构预测软件将是未来该领域研究的重点内容。