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农业生物技术学报  2010年 18卷 3期  刊出日期:2010-06-28
 
研究论文
白菜类LRR抗病蛋白基因BcLRR cDNA克隆及其介导的植物软腐病抗性分析
谢华1,陈绪清1,姚磊2,贾云鹤2,崔崇士2,马荣才1
2010, 18(3): 416-423  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (2138 KB)  ( 189 )
摘要
本研究利用前期构建的软腐欧文氏菌菌株Ecc BC1侵染诱导表达的大白菜SSH cDNA文库和cDNA芯片。在芯片分析的基础上,选取一个与拟南芥类LRR抗病蛋白Cf-5高度同源的EST序列(GenBank登录号:DN962361)进行进一步分析。用5’-和3’-RACE方法克隆了该基因全长1286 bp的cDNA序列,包含一个完整ORF和3’UTR,并具有Poly(A)加尾信号,将其命名为BcLRR基因(GenBank登录号:EU424347)。BcLRR 推导蛋白序列由327个氨基酸组成,除N端跨膜螺旋结构域外,大部分为LRR结构域,包含8个胞外LRR重复单元,由7个规范的LXXLXLXN结构和1个不规范LXXLXXXN组成。氨基酸序列比对分析发现,BcLRR蛋白与拟南芥类LRR抗病蛋白Cf-5同源性高达96.6%,与棉花类LRR抗病蛋白GhLRR同源性为82.3%,它们之间大部分变异限定在N端信号肽区。系统发育关系表明,在三种植物中功能均未知的这一蛋白属于一个新的胞外LRR蛋白类型,在结构上不同于其它抗性已知的胞外型LRR蛋白。将受CaMV 35s启动子驱动的BcLRR基因完整ORF序列转化拟南芥Col-0,PCR鉴定、Southern杂交和RT-PCR分析表明,BcLRR 基因已整合到拟南芥基因组中,并在拟南芥中获得了转录。软腐病病情指数分析表明,转BcLRR 植株提高了对软腐欧文氏菌的抗性。
猪细小病毒VLPs供外源蛋白插入的候选位点发现及其重组PCV2-ORF2的病毒样颗粒构建
Discovery of candidate site in virus-like particles(VLPs) of porcine parvovirus(PPV) for inserting foreign protein and the construction of the recombinant VLPs contained the ORF2 protein of porcine circovirus type 2(PCV2)
朱玲,郭万柱,蒋清蓉,徐志文,熊丁杰
2010, 18(3): 431-436  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (1459 KB)  ( 165 )
摘要
摘要:试验中先将PPV SC-1株VP2基因扩增产物克隆到pMD18-T载体构建质粒pMD-VP2;设计两对引物(分别引入HindⅢ和SacI两个酶切位点)扩增PCV2 SC株ORF2基因,构建了pMD-ORF2.A和pMD-ORF2.B两质粒;经相应内切酶酶切后回收目的片段,插入PPV SC-1株VP2基因的HindⅢ和SacI两个特异限制酶切位点处(分别对应于PPV VP2蛋白N端和C端1/3处),得到重组质粒pPVP2-ORF2.A和pPVP2-ORF2.B。经鉴定后的质粒pPVP2-ORF2.A和pPVP2-ORF2.B用KpnI、BamHI和ApaLI三酶切,回收含VP2和ORF2基因的目的片段克隆至真核表达载体(pEGFP-C1),得到重组质粒pEGFP.VO.A和pEGFP.VO.B。脂质体法转染重组质粒于Cos7细胞后,采用荧光显微镜和电镜观察基因表达情况,结果仅在转染pEGFP.VO.A的样品中观察到了病毒样颗粒(VLPs)。纯化VLPs免疫小鼠,结果显示能产生较好的细胞免疫和针对PPV、PCV2的特异性体液免疫,该结果表明研究中获得了PCV VP1-PCV2 ORF2重组VLPs,同时也揭示PPV VPLs的N端1/3适于外源蛋白插入构建重组VLPs。 关键词:猪细小病毒;猪圆环病毒2型;病毒样颗粒;重组
草莓多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白基因(PGIP)的克隆及组织特异性表达
Cloning and Tissue Specific Expression of the Polygalacturonase Inhibiting Protein Gene (PGIP) of Fragaria × ananassa
张勇1,汤浩茹2,侯艳霞2,蒋豪3,罗娅3
2010, 18(3): 424-430  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (2840 KB)  ( 167 )
摘要
以草莓(Fragaria × ananassa)叶片为试材,采用PCR技术,克隆到1条多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白基因,命名为FaPGIP。基因组DNA片段包含一个长为168bp的内含子;cDNA编码区全长999bp,编码332个氨基酸残基。预测该蛋白质分子量为37.1 kDa,等电点为7.67,N端24个氨基酸残基构成的疏水区域为信号肽,具有5个潜在的N-糖基化位点。序列同源比对结果表明,所克隆的FaPGIP基因与GenBank中登录的蔷薇科及其它物种PGIP基因具有较高的同源性。采用SyPred3D软件预测了该基因所编码的蛋白质的三维结构,表明FaPGIP蛋白质的三维模型类似马蹄的结构,含12段α-螺旋和21段β-折叠,中心LRR结构域由10个串联的LRRs基序组成。半定量RT-PCR分析显示,FaPGIP在草莓根、茎、叶、花、果五种组织中均有表达,其表达量为果>叶>花>根>茎,相对表达量分别为0.2460、0.1664、1.3712、0.8721和3.4154。
研究报告
猪乳上皮黏蛋白MUC1和一组高分子量蛋白遗传多态性的研究
Genetic Polymorphisms of the Epithelial MUC1 and High Molecular Weight Protein in Sow Milk Samples
张水斌1,黄卫平1,薛楠1,李彗1,金素钰1,林亚秋2,郑玉才2
2010, 18(3): 514-518  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (1017 KB)  ( 178 )
摘要
为了从乳特异蛋白水平上研究猪的生物多样性,采用电泳方法对大约克猪乳上皮黏蛋白MUC1和一组高分子量蛋白(HMWP)的多态性进行了检测。结果在42头猪中检测到3种MUC1类型,分子量大于普通牛,依次为230、217、212 kD,形成5种蛋白表型;检测到4种HMWP类型,分子量依次为123、109、107、101 kD,形成5种蛋白表型。猪乳中的MUC1和HMWP表达量在1~3 d的初乳中明显低于常乳;猪常乳中MUC1的浓度高于牦牛和山羊乳。研究结果表明,猪乳MUC1和HMWP均存在多态性,但他们的基因杂合度和有效等位基因数相对较低。
玉米同义密码子偏爱性分析
Analysis of synonymous codon bias in maize
刘汉梅1,何瑞2,张怀渝2,黄玉碧2
2010, 18(3): 456-461  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (592 KB)  ( 258 )
摘要
玉米是重要的粮食和饲料作物,并被广泛应用于现代食品、医药和化学工业。本研究应用软件CodonW,首次对玉米基因组中的7402个蛋白质编码基因序列进行了分析,计算了位于密码子三个位置的G+C含量、有效密码子数、同义密码子的使用频率等,并确定了玉米的最优密码子。结果显示玉米密码子第三位的G+C含量明显高于第一、二位,表现出对以G或C碱基结尾的密码子发生强烈偏向使用;且确定的27种最优密码子均以G或C碱基结尾。分析结果对指导外源基因进行分子改造,提高其在玉米中的表达效率及完善玉米基因预测软件和程序,提高新基因预测和基因组注释准确性等具有重要意义。
西农萨能奶山羊HSL基因CDS区的克隆与生物信息学分析
Cloning and Bioinformatic Analysis on CDS of HSL gene of Xinong Saanen Dairy Goats
刘俊霞1,罗军2,滕炎玲1,王伟3,赵旺生1,林先滋1
2010, 18(3): 539-544  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (2029 KB)  ( 175 )
摘要
根据GenBank已收录的牛(Bos taurus)、人(Homo sapiens)和小鼠(Mus musculus)等物种激素敏感脂酶(HSL)基因序列的同源保守区域,设计特异性引物,利用RT-PCR技术,从西农萨能羊乳腺组织中克隆得到了山羊HSL基因的CDS,并对其核苷酸序列和推导的氨基酸序列以及蛋白质结构进行了生物信息学分析。结果表明,山羊HSL基因CDS全长2271 bp,编码756个氨基酸残基(GenBank收录号为:EU273879),与牛、人和小鼠的核苷酸序列同源性分别为96%、86%和79%;氨基酸序列的同源性分别为96%、85%和83%;其蛋白质的分子量为82583.7 Da,等电点为6.23,其结构特征与牛、人及小鼠的基本一致,推测其功能可能与泌乳相关。
小麦光温敏核雄性不育系BS20育性的QTL分析
QTL Mapping for Photoperiod-temperature Sensitive Genic Male Sterility of BS20 in Common Wheat
张立平1,田再民2,赵昌平1
2010, 18(3): 437-444  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (933 KB)  ( 295 )
摘要
以小麦(Triticum aestivum L.)光温敏不育系BS20×Fu3 DH群体的289个系为材料,于2005~2006年度种植于北京海淀和安徽阜阳,进行了育性(结实率和结实小穗率)的调查。利用SSR标记和分离群体分组分析法(BSA)分析该群体中与育性相关的分子标记,用128对SSR引物,初步构建BS20×Fu3群体的分子标记遗传连锁框架图。BSA的结果表明,与育性连锁的3个标记是Xgwm294、Xgwm374和Xgwm44,分别位于染色体2AL、2BS和7DS;采用混合线性复合区间作图法对小麦育性进行QTL分析,检测到6个QTL,分布在1AS、2BS、2DL、6AL、6BL和7DS染色体,贡献率为1.1~12.5%,其中7DS上的QTL与2BS、6AL和6BL上的QTL存在显著的互作效应。综合BSA和QTL分析结果,确定染色体7DS和2BS上的QTL重复性较好、贡献率和互作效应较大,为小麦光温敏核雄性不育性状的重要QTL,标记区间分别为Xgwm44-Xcfd14和Xgwm148-Xgwm374,贡献率分别为7.2~12.5%和2.1~2.5%。
利用Cre/lox重组系统获得烟草TA29-Barnase基因工程雄性不育恢复系
Using Cre/lox Site-specific Recombination System to Construct the Restoring Line of Tobacco Engineered Male Sterile Line Induced by TA29-Barnase Gene
宋洪元 yuahs1,任雪松1,司军1,李成琼1,宋明2,雷建军3
2010, 18(3): 468-475  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (2759 KB)  ( 159 )
摘要
结合F1杂种的生产原理,利用Cre/lox重组系统,建立了一种完全有别于 Barnase/Barstar恢复途径的基因工程雄性不育恢复系。将TA29-Barnase雄性不育基因表达盒置于两个同向lox位点之间并与Bar基因融合后获得植物表达载体pBinBarloxTABn,通过农杆菌介导的叶盘转化法将其转入Wisconsin 38烟草获得了雄性不育转基因烟草植株。雄性不育转基因植株表现花药瘦小,不饱满,花粉量明显偏少,花粉畸形、皱缩、塌陷、极少萌发,自交无法正常座果结子。TA29-Barnase雄性不育转基因植株用来自pBinCre转基因植株的花粉授粉后则正常结果结子。分别对pBinCre转基因植株C1与不育转基因植株BN1杂交后代23株F1植株以及与BN6杂交后代的22株F1植株进行分子检测,结果显示两个杂交组合后代中凡同时含Cre基因和Bar 基因的F1植株,其TA29-Barnase雄性不育基因均被删除,删除效率达到100%。F1植株中的TA29-Barnase基因被删除后,育性被恢复,能正常开花结果。
烟草顺式作用元件aps的分离及其在转基因水稻中的功能分析
Isolation of Cis-acting Element aps from Tobacco rDNA and Analysis of its Function in Transgenic Rice
刘峰1,赵伊英2,郑金贵**3
2010, 18(3): 462-467  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (1084 KB)  ( 220 )
摘要
从烟草“翠碧1号”中克隆获得顺式调控元件aps(amplification promoting sequence)。序列全长为440 bp(GenBank:FJ516382),富含A/T,包括TATA、TAAATG motifs等。将aps引入到GUS基因的启动子上游,并遗传转化水稻。Southern blot 结果表明,整合aps的转化株系GUS基因的拷贝数多于未引入aps的转化株系;半定量RT-PCR显示,整合aps的转化株系有更高的mRNA表达水平,且GUS 活力值达12.07-16.03(GUS 活性/nmol MU mg protein-1 min-1),显著高于未引入aps的对照转化植株的5.32-7.01(*P<0.05)。研究结果表明,与先前在双子叶植物烟草和番茄上的报道类似,导入aps也可有效地提高异源基因在单子叶植物的表达效率。表明aps除双子叶植物之外,在单子叶转基因水稻中也能发挥其特定的增强外源基因表达水平的功能;也暗示aps在植物基因工程领域中潜在的育种价值。
基于SSR标记的粗山羊草遗传多样性分析*
Genetic Diversity of Aegliops tauschii Based on SSR Marker*
王亚娟1,王长有1,刘新伦2,吉万全1
2010, 18(3): 493-500  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (1723 KB)  ( 175 )
摘要
粗山羊草是普通小麦遗传改良的重要基因资源。本研究利用普通小麦的SSR引物对78份粗山羊草DNA水平进行了遗传多样性分析。结果表明,粗山羊草D组的同源性与普通小麦3个基因组的同源性依次为D组>B组>A组。选取特异带稳定清晰的32对SSR引物对78份粗山羊草进行多样性分析,共扩增出308个等位变异位点,平均每对SSR引物扩增出8.14个等位变异位点,其中A组引物、B组引物和D组引物分别扩增出39个、51个和212个等位变异,平均每个位点等位变异分别为5.57个、6.38个和12.47个,D组引物检测到遗传变异最丰富,再次说明粗山羊草D组的同源性与普通小麦的D组同源性最高,同时,能在A、B引物中扩出特异性条带,说明粗山羊草D组与普通小麦的A、B基因组也有一定的同源性。UPGMA聚类结果表明,78份粗山羊草在遗传相似系数0.77时聚为6个主要类群,而且遗传聚类关系与材料的地理来源有一定的相关性。
河南小麦黑胚病菌链格孢rDNA-ITS序列及系统发育分析
rDNA-ITS sequence and phylogenetic analysis of the pathogens of wheat black point ( Alternaria spp. ) in Henan
李洪连
2010, 18(3): 445-455  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (3052 KB)  ( 103 )
摘要
从河南省具有地域代表性的5个不同地区分离小麦黑胚病原菌Alternaria spp.菌株17株,提取基因组DNA进行rDNA-ITS 5.8S rDNA及其两侧ITS序列扩增,所测菌株的序列同源性为99%-100%。通过与GenBank中登录的链格孢属中的9个种进行系统发育分析,发现所有供分析菌株具有很高的同源性,其中与6个小孢子种A. alternata、A. tenuissima、A. mali、A. gaisen、A. citri、A. arborescens 同源性为98%~100%。但3个大孢子种A .radicina、A. porri和A. solani聚为另外一支,可以明显地与其它小孢子种区分开,且发生变异的个别小孢子种的菌株与大孢子种之间也存在一定的亲缘关系。通过对58个Alternaria 菌株的rDNA ITS1-5.8S-ITS2序列及系统发育分析发现,同一个种内不分地域范围和寄主都有很高的保守性,并且具有各自的特异位点,所以该段序列可以作为一些种的分类鉴定、分子标记及系统发育的重要依据。比对分析的结果也进一步从分子角度验证引起河南省小麦黑胚病的病原菌是链格孢属的相似的小孢子种。
牛Oct4基因克隆及其逆转录病毒表达载体的构建
Cloning of Bovine Oct4 Gene and Construction of Its Retroviral Expression Vector
陈冬梅1,吕长荣2,辛晓玲3,窦忠英4
2010, 18(3): 526-532  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (1290 KB)  ( 189 )
摘要
以胎牛的原始生殖嵴为材料,用RT-PCR的方法扩增出牛Oct4基因与Genbank公布的序列的同源性为99.4%。将其插入到反转录病毒载体pMSCVneo的多克隆位点,获得重组反转录病毒质粒pMSCVneo-Oct4。通过Lipofectamine2000将其转导入包装细胞PT67,应用含有G418的培养液对转染后的包装细胞进行抗性筛选,获得阳性细胞克隆。细胞上清经过RT-PCR、透射电镜及病毒滴度测定等方法鉴定,证实所包装病毒存在,其滴度值为8.83×107cfu/mL。结果表明已获得携带牛Oct4基因的高滴度感染性反转录病毒。本研究以逆转录病毒载体为基础构建了牛Oct4基因真核表达载体,并获得能够产生包含有Oct4基因的高滴度病毒的单克隆细胞株,为进一步诱导产生牛多能性诱导干细胞(iPSCs)研究奠定试验基础。
甘蓝S位点受体激酶基因(SRK)编码区的甲基化分析
Methylation Analysis of S-locus Receptor Kinase Gene(SRK) Coding Region of Brassica oleracea
张莉
2010, 18(3): 482-488  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (2433 KB)  ( 193 )
摘要
克隆了位于自交不亲和型甘蓝(Brassica oleracea)S位点受体激酶基因(SRK)上第一编码区中包含两个CCGG位点的目的片段,通过甲基化敏感限制性内切酶-PCR法,利用对甲基化敏感性不同的MspⅠ和HpaⅡ分别对柱头乳突和花药基因组DNA及其PCR产物进行交叉组合式的酶切与电泳,首次对SRK基因编码区的特定DNA区段进行了甲基化分析。使用相同的SRK基因特异性引物时,柱头乳突和花药基因组DNA作为模板均可以扩增出清晰目标谱带,且目标谱带经MspⅠ/HpaⅡ完全酶切后可产生预期的谱带类型;而经MspⅠ/HpaⅡ完全酶切后的此二基因组DNA再作为模板进行PCR,均无特异性的目标谱带扩出。这些结果初步表明,自交不亲和型甘蓝花粉的SRK基因可能不存在甲基化封闭。
红景天多糖对猪精子冷冻保护效果影响的研究
The protective effect of rhodiola polysaccharide on freezing boar spermatozoa
张树山1,李青旺2
2010, 18(3): 519-525  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (631 KB)  ( 192 )
摘要
本试验研究了不同浓度红景天多糖以及不同添加方案对猪精子冷冻效果影响。结果表明:1.适宜浓度的红景天多糖能明显提高猪精子冷冻效果,尤其在精液降温平衡过程中为猪精子提供较好的抗氧化作用;2. 红景天多糖在Ⅰ液中添加对猪冷冻精子保护效果优于在Ⅱ液中添加(P < 0.05),较佳添加量为6 mg/L。
基于途径工程的极大螺旋藻藻蓝蛋白α亚基的生物合成
The Biosynthesis of the Phycocyanin Holo-α-subunit from Spirulina maxima Based on Pathway Engineering
于平
2010, 18(3): 501-507  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (1304 KB)  ( 165 )
摘要
本文根据极大螺旋藻藻蓝蛋白α亚基的生物合成途径,利用PCR技术从极大螺旋藻基因组DNA中克隆了与其生物合成相关的五个基因cpcA、hox1、pcyA、cpcE和cpcF,并将这些基因用相应的限制性内切酶酶切后,依次构建到表达载体pETDuet-1的两个外源基因表达盒内,转化大肠杆菌BL21 (DE3),经氨苄青霉素抗性筛选,得到工程菌ZJGSU02。经测序确认,连接到pETDuet-1上的五个基因拼接正确。IPTG诱导后,工程菌培养液中的细胞呈现明显的蓝色,对照菌颜色没有发生变化。SDS-PAGE胶显示在21kDa处有一明显的条带,与预期理论分子量大小一致。重组蛋白经锌离子溶液浸泡后,在紫外光激发下呈现桔色荧光,western blotting分析表明重组蛋白能特异性地与6×His-tag单克隆抗体结合。通过吸收光谱和荧光光谱检测,发现重组蛋白最大吸收波长为623nm,最大荧光发射波长为645.8nm,与天然极大螺旋藻中藻蓝蛋白α亚基的最大吸收波长和最大荧光发射波长一致,以上结果表明极大螺旋藻藻蓝蛋白α亚基已在大肠杆菌中成功实现异源表达。该研究结果不仅为色基结合蛋白这类复杂蛋白在异源宿主系统中的表达提供新的思路和方法,而且也为探索在一个表达载体上构建和表达5个或5个以上的外源目的蛋白基因及其基因互作等方面的研究提供借鉴,具有重要意义。
大白菜败蕾相关基因的cDNA-AFLP差异表达分析
cDNA-AFLP differential expression analysis of genes related with aborting bud in Chinese cabbage
张鲁刚1,贾晋2
2010, 18(3): 489-492  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (1027 KB)  ( 380 )
摘要
摘要:以大白菜败蕾到正常花蕾的10个连续时期的花蕾为材料,采用cDNA-AFLP技术和生物信息学分析等方法研究了败蕾过程中的基因表达差异,获得了192个大白菜败蕾相关差异表达片段,随机挑选88个序列进行测序,获得72个新表达序列标签(ESTs)。根据生物信息学分析结果,将其分为能量和新陈代谢、膜和运输、转录和翻译、氨基酸合成和加工、信号传导、防御及分类不确定7类。此外,有5个ESTs为大白菜败蕾材料中新发现的,已在GenBank进行了登录,登录号分别为:GD185906、GD185907、GD185908、GD185909和GD185910。大白菜败蕾相关基因表达序列标签的成功获得,为研究大白菜败蕾机理奠定了基础,也是分离新基因不可多得的重要资源。
新型鸭呼肠孤病毒NP03株S3基因序列分析
Cloning and cDNA sequence analysis of the S3 gene of a Novel duck reovirus STRAIN NP03 in China
王劭1,陈少莺2,陈仕龙3,朱小丽3,林锋强3,江斌2,程晓霞3,张世忠2,李兆龙2
2010, 18(3): 567-572  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (1753 KB)  ( 266 )
摘要
本研究根据Genebank禽呼肠孤病毒(ARV)、番鸭呼肠孤病毒(MDRV)S3基因序列设计合成一对引物,特异性扩增新型鸭呼肠孤病毒NP03株的S3基因,并对其序列进行分析。结果克隆获得NP03株S3 cDNA包含完整的阅读框架,同源性分析:NP03分离株S3基因核苷酸序列与ARV、火鸡呼肠孤病毒(TRV)和番鸭呼肠孤病毒(MDRV)的同源性分别为60%~60.2%、61.9%和58.2%~62.7%,氨基酸的同源性分别为68.2%~69%、68.2%和63%~70.4%,NP03株的S3基因具有不同于ARV和MDRV的特征,表明分离毒NP03是一株新型鸭呼肠孤病毒。
巴西固氮螺菌中杂合双组分蛋白Org35与NifA的相互作用
The interaction between hybrid two component protein Org35 and NifA
崔艳华1,伍丽娴2,洪媛媛3,陈三凤2
2010, 18(3): 580-585  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (1485 KB)  ( 230 )
摘要
巴西固氮螺菌(Azospirillum brasilense)可以与玉米、小麦等重要作物联合固氮,是重要的潜在生物肥料。NifA蛋白是所有固氮基因转录所必需的激活蛋白。在一些固氮菌中,NifA蛋白的活性受NifL蛋白的调节,NifL蛋白通过与NifA蛋白之间的直接相互作用而抑制NifA的活性。在巴西固氮菌中,尚未发现与NifA蛋白之间有直接相互作用的蛋白因子。在我室前期的研究中,利用酵母双杂交系统获得了与NifA蛋白互作的杂合双组分蛋白Org35蛋白。本研究利用融合蛋白下拉分析,探讨了Org35蛋白与NifA蛋白的相互作用。研究表明二者存在互作,并证明Org35蛋白与NifA蛋白之间的相互作用是由PAS结构域介导的。
利用复合杂交群体定位陆地棉产量性状QTL
QTL Mapping of yield traits with composite cross population in upland cotton (Gossypium hirsutum L.)
张建
2010, 18(3): 476-481  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (1346 KB)  ( 201 )
摘要
以共同亲本渝棉1号分别与中棉所35和贝尔斯诺杂交F1代,再次杂交得到复合杂交群体。利用6565对SSR引物对3亲本进行多态性引物筛选,获得92对多态性引物。以多态性引物检测复合杂交群体172个单株的标记基因型,共获得96个标记位点,其中4对引物产生两个位点。构建的遗传连锁图谱包括63个标记、19个连锁群,总长656.0 cM,标记间平均距离10.4 cM,覆盖棉花基因组14.8%。利用多QTL作图方法,以复合杂交群体F2株系的产量性状鉴定结果,检测到7个产量性状QTL,即1个单株铃数(BN)、2个单铃重(BW)、1个衣分(LP)、1个单株籽棉(SC)和2个单株皮棉(LC)。7个QTL分布于4条D基因组染色体,其中第19染色体分布4个QTL。同时,不同亲本之间存在产量性状QTL等位基因的差异。
抗人红细胞单链抗体与猪伪狂犬gE蛋白双功能融合蛋白的构建及生物学活性检测
Construction and Biologic Activity Detection of Anti-Human Red Blood Cell ScFv-PRV gE Bifunctional Fusion Protein
廖文军
2010, 18(3): 562-566  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (998 KB)  ( 169 )
摘要
构建既具有凝集性又具有抗原性的双功能融合蛋白,本研究利用特异性引物从重组质粒PMD-2E8ScFv和PMD-gE中PCR扩增得2E8基因(抗人红细胞H抗原单链抗体基因)和kgE基因(PRVgE主要抗原编码区),采用重叠延伸(SOE)PCR法拼接成融合的双功能分子 2E8kgE,经BamHI和EcoRI双酶切处理,纯化后,克隆至BamHI和EcoRI双酶切处理的表达载体pET-Trx中,构建了原核表达载体pET-Trx-2E8kgE;将pET-Trx-2E8kgE转化至BL21plysS中,在IPTG的诱导下表达具有双功能的融合蛋白,经过SDS-PAGE和Western-blot检测;结果表明,重组菌BL21plysS表达出约60.1kDa的目的蛋白,与猪伪狂犬标准阳性血清发生特异性反应。红细胞凝集试验证实:2E8kgE融合蛋白既能够与人红细胞结合,又能够与PRV抗体反应,具有双功能特性。
荧光显色在环介导等温扩增(LAMP)检测猪繁殖与呼吸综合征病毒的应用
Fluorescent reagent in detection of porcine reproductive and respiratory syndrome virus by loop-mediated isothermal amplification (LAMP)
张跃伟1,李旭妮1,郭盼盼1,付萍1,李佳禾1,黄书林1,吴文学2
2010, 18(3): 508-513  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (1371 KB)  ( 415 )
摘要
摘要:介绍了一种应用荧光显色的猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)反转录环介导等温扩增(RT-LAMP)的检测方法。该方法使用了针对靶序列——M+N基因的一组引物,并且能在63℃等温条件下30min内完成反应。在敏感性检测中RT-LAMP方法与RT-PCR方法都能检测1000个包含靶基因片段的重组质粒。几种其他病原的核酸也被用来比较这两种方法的特异性。在荧光显色剂应用试验中,证实0.05mmol/L钙黄绿素以及0.6mmol/L锰离子可以用于LAMP扩增产物的判断,并且其判断结果与浊度判断结果一致。此外,在对103个临床血液样本的检测中,RT-LAMP与RT-PCR两种方法检出的阳性样本数量分别是56个和48个。以上结果说明,应用荧光显色剂的RT-LAMP检测方法可以快速检测猪繁殖与呼吸综合征病毒。
通过圆二色谱研究蛋白激发子PeaT1的耐热性
Research on the heat resistance of PeaT1 by synchrotron radiation circular dichroism
刘权
2010, 18(3): 592-596  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (1357 KB)  ( 312 )
摘要
PeaT1是来自于极细链格孢菌(Alternaria tenuissima)的一种具有耐热特性的蛋白激发子,包含有一个初生多肽聚合复合物(nascent polypeptide associated complex,NAC)的结构域。为了研究PeaT1的耐热性机理,本文将其进行原核表达,经过亲和层析、离子交换层析和分子筛纯化后得到高纯度的PeaT1,通过真空紫外圆二色谱(SRCD)对PeaT1的二级结构在不同温度下的变化进行了检测,温度从4℃经25℃、55℃到85℃,随后又经55℃、25℃回落到4℃。结果表明,在此过程中,α螺旋、转角结构比例先减少后增加;无规则卷曲比例先增加后减少,最后都基本恢复为原来的水平;而β折叠比例则变化不大。结合PeaT1的结构域信息,说明PeaT1主要是靠由β折叠组成的NAC结构域形成二聚体维持其热稳定性。该研究为PeaT1蛋白耐热性机理研究以及其作为生物农药的生产应用打下了理论基础。
抗粘液病毒基因(Mx )S631N多态位点与白耳鸡免疫性状和生产性能的关联分析﹡
Association analysis between myxo-virus resistance gene (Mx) S631N polymorphism site and immune traits and production performance of BAI chicken breeds
韩威
2010, 18(3): 556-561  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (968 KB)  ( 204 )
摘要
本试验通过PCR-RFLP方法检测抗粘液病毒基因(Mx)S631N多态位点的等位基因A和G在白耳鸡群体中的分布,通过选配组建三种不同基因型群体(AA,AG,GG),免疫后分别于35、42、49、70、100日龄采用血凝和血凝抑制方法测定不同基因型个体的禽流感(AI)和新城疫(ND)抗体滴度,并测定不同基因型个体的90日龄体重、开产日龄和72周龄产蛋数;分析该多态位点与免疫性状和生长性状的关联。结果表明,在白耳鸡群体中Mx基因S631N多态位点的等位基因频率处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),3种不同基因型频率分别为0.233(AA),0.517(AG)和0.250(GG);在测定的日龄内不同基因型个体的AI抗体滴度和ND抗体滴度水平呈现出类似的增长和消减变化规律,在多个测定日龄内AA基因型个体的AI抗体滴度和ND抗体滴度水平显著高于(P<0.05)AG和GG基因型个体;关联分析结果表明该多态位点与49日龄时的ND抗体滴度峰值和70日龄时的AI抗体滴度峰值间均存在显著关联(P<0.05),但不同基因型个体间的90日龄平均体重、开产日龄和72周龄产蛋数差异均不显著(P>0.05)。研究结果证实Mx基因S631N多态位点可以作为提高抗病力的重要候选标记位点。
空肠弯曲菌PCR-RAPD分子亚分型及其毒力相关基因分析
PCR-RAPD molecular sub-typing and virulence genes detection of Campylobacter jejuni isolated from eastern China
薛峰1,徐飞2,张小荣3,祝长青4,栾军4,蒋原4,陆承平5
2010, 18(3): 586-591  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (953 KB)  ( 236 )
摘要
113株不同来源的空肠弯曲菌RAPD分析表明,得到15个基因型别,主要型别有V7、V9、V10、V11、V12、V13、V14、V15,占81.42%,其中菌株分布最集中的是型别V10、V11、V12 和V14,所占比例分别为11.50%、12.39%、13.27%和10.62%,而在型别C1-C5、V6、V8中出现的菌株较少,比例均低于1%。此外,不同源分离株呈高度交叉分布。空肠弯曲菌分离株毒力相关基因分析显示,黏附相关基因cadF、racR 的平均携带率分别为92.45%和38.69%,鞭毛蛋白基因flaA 的平均携带率为73.58%;毒素调节基因cdtA、cdtB、cdtC、wlaN 和virB11 质粒基因的平均携带率分别为71.70%、52.83%、96.23%、12.26%和1.89%;热休克蛋白和转运相关蛋白基因dnaJ、ceuE的平均携带率分别为0.94%和65.09%,CiaB、pldA基因的平均携带率分别为39.62%和9.43%,58.82%的细菌含有6个以上的毒力相关基因。
鸡H-FABP基因多态性对肉质性状和组织表达的影响
Association of H-FABP Gene Polymorphisms with Chicken Meat Quality Traits
邓龙华
2010, 18(3): 545-555  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (925 KB)  ( 176 )
摘要
肌内脂肪含量(intramuscular fat,IMF)被认为是影响畜禽肉质风味的主要因素,而作为影响畜禽肌内脂肪沉积的候选基因,心脏型脂肪酸结合蛋白(Heart-Type Fatty Acid-Binding Proteins,H-FABP)基因对鸡肌内脂肪的沉积起着重要的作用。本研究选择H –FABP基因的 3个变异(SNP或插入缺失)对华南农业大学杏花鸡×隐性白洛克鸡全同胞家系F2代资源群进行了标记-性状关联分析,并利用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)技术对不同组织、不同日龄及不同基因型的H-FABP基因mRNA表达水平上的差异进行了研究,进一步阐明该基因与肉质性状的关系。结果表明,G+926A位点多态性与胸肌粗脂肪含量呈极显著相关(P<0.01);14bp插入缺失位点与鸡肉质等性状关联分析的结果都是差异不显著(P>0.05),仅与70日龄和84日龄体重等生长性状的相关性达到极显著相关水平(P<0.01);C+2851T位点与腿肌粗脂肪含量显著相关(P<0.05)。qRT-PCR及单倍型分析结果及关联分析结果相一致,进一步表明H-FABP基因可以做为IMF等肉质性状的侯选基因。
湖羊生长分化因子9(GDF9)基因组织表达特征、mRNA表达水平与SNPS分析
The Tissue Expression Profile,mRNA Expression Level and SNPS Analysis on GDF9 gene in Hu sheep
胡冬利1,李齐发2,徐业芬1,李二林2,韩业东1,涂 飞1,谢庄2
2010, 18(3): 533-538  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (1080 KB)  ( 274 )
摘要
摘 要:生长分化因子9(GDF9)是TGF-β超家族的一个成员,在早期卵泡的生长和分化过程中起着重要的调节作用,本文旨在研究GDF9基因在湖羊中的组织表达特征、mRNA表达水平及SNPS分析。本研究采用RT-PCR、实时荧光定量PCR和PCR-RFLP对湖羊GDF9的组织表达、发情期单羔和三羔湖羊卵巢组织mRNA表达水平,以及外显子1第152位点的多态性进行了分析。结果显示:GDF9基因在湖羊的下丘脑、垂体、卵巢、子宫、输卵管、心、肝、脾、肺、肾等组织中均有表达;三羔湖羊卵巢组织中GDF9基因的mRNA表达水平显著高于单羔湖羊(P<0.05);在湖羊中没有检测到GDF9基因cDNA第152处发生的单碱基突变(A →G)。研究结果表明GDF9基因的mRNA表达水平与湖羊的繁殖性状有一定的关系,在湖羊群体中的多态性还有待于进一步研究。
利用噬菌体随机肽库筛选IBDV-VP2模拟表位*
Screening of mimic epitopes for IBDV-VP2 by Phage Display Random Peptide Library
王小娥
2010, 18(3): 573-579  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (1462 KB)  ( 178 )
摘要
目的:获得具有中和作用的IBDV-VP2单抗的模拟表位,为进一步研究其对法氏囊病的免疫保护作用奠定基础。方法:用纯化的4株IBDV-VP2单克隆抗体(1B5、5D1、2H11和I-4-4-3)筛选噬菌体随机12肽库,对40个克隆(10个单克隆噬菌斑×4株单克隆抗体)进行ELISA验证,获得32个阳性克隆,选20个阳性克隆(5个单克隆噬菌斑×4株单克隆抗体)进行DNA序列分析,确定了4个优势12肽为不同IBDV抗原表位。这4个12肽在一级结构上没有3个以上连续氨基酸与GenBank中IBDV-VP2的氨基酸序列相同之处,与单抗的结合可被VP2蛋白有效地抑制,推测可能是构象依赖性表位。将4个模拟表位串联表达后获得r4EPIS蛋白,经SDS-PAGE分析,r4EPIS占菌体总蛋白的20%,分子量30kDa。用多克隆抗体对r4EPIS进行免疫印迹分析,结果表明r4EPIS具有特异性和反应原性。结论:筛选的是IBDV-VP2单抗的模拟表位。
本刊评论
生物燃料的发展趋势
Trends in Biofuel Development
农业生物技术学报
2010, 18(3): 413-415  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (548 KB)  ( 190 )
摘要
评述与展望
位点特异性重组及其在剔除植物筛选标记基因中的应用 !!!
Site-specific recombination and their application in excision of selectable marker gene from transgenic plants
刘香利1,赵会贤2,郭蔼光3
2010, 18(3): 597-603  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (615 KB)  ( 236 )
摘要
摘要:植物遗传转化中筛选标记基因的去除是转基因植物商品化的一个重要前提,位点特异性重组可用于剔除筛选标记基因。常用的位点特异性重组系统主要有Cre/loxP、FLP/FRT和R/Rs系统。在应用中,可以通过二次转化或与含重组酶的转基因植株杂交来组成性表达重组酶,或利用瞬时表达、诱导性表达、组织特异性表达重组酶来剔除选择标记基因,从而获得无标记基因的转基因植株,而诱导性标记基因剔除最为有效。
细胞壁重构关键酶木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(XTH)的研究进展
Research Advances on a Key Cell Wall Remodeling Enzyme Xyloglucan Endotransglucosylase/hydrolase (XTH)
胡赞民1,沈昕2
2010, 18(3): 604-609  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (613 KB)  ( 399 )
摘要
细胞壁是目前植物分子生物学研究的热点之一。木葡聚糖(XG)是双子叶植物初生细胞壁中最主要的半纤维素。木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(XTH)是一类催化木葡聚糖分子转移或水解的酶,它能够内切木葡聚糖聚合体,将产生的还原性末端连接到另外一个木葡聚糖链或水分子上,在细胞壁重构、影响植物生长发育方面有重要作用。本文主要综述了XTH结构﹑功能和影响其功能的因素,概括了目前研究中存在的问题和未来研究方向。
技术改进
非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳中与杂合子相伴产生的非目的条带的鉴定
Nature Identification of Nontargeted Bands Accompanied with Heterozygote in Nondenatured Polyacrylamide Gel Electrophoresis
王晓通1,邓学梅1,吴常信2
2010, 18(3): 616-622  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (1687 KB)  ( 420 )
摘要
本研究旨在鉴定两条在非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳中总是伴随杂合子出现的非目的条带。笔者切胶回收了目的条带和非目的条带,以此为模板进行第二次PCR扩增,然后将PCR产物按不同组合进行混合并施加不同处理再次进行电泳,另外,人工合成了四条包含该缺失位点的寡核苷酸单链,对条带形成的过程进行了模拟。结果表明以两条非目的条带为模板的二次PCR产物的电泳结果均有四条带,与杂合子样本四条带的迁移率完全一致,以两条目的条带为模板的二次PCR产物电泳条带的迁移率分别与其本身保持一致;将以两条目的条带为模板的二次PCR产物混合并经过变性复性后,其结果出现非目的条带和目的条带,也与杂合子样本四条带的迁移率完全一致,而如果只是简单混合并未经过变性复性处理,其电泳结果只出现目的条带。另外,在利用人工合成单链进行模拟的实验中发现,异源双链迁移率较低,形成了非目的条带,而正常双链迁移率较高,形成目的条带。结果提示,这种与杂合子相伴产生的非目的条带,并不是非特异性扩增的结果,而是由于模板为缺失突变杂合子,即两条双链DNA片段中的一条存在碱基缺失。在PCR反应的变性过程中,会产生大量的缺失和非缺失的单链分子,而在复性过程中,其中一部分碱基缺失的正负单链会与不缺失的正负单链发生互补,形成杂合双链;在杂合双链中发生碱基缺失的位置,会有突环产生,产生的突环进而导致杂合双链迁移率降低,最终形成了两条迁移率较低的非目的条带。
水牛γ-干扰素单克隆抗体的制备及其特性分析
Preparation and Analysis of Monoclonal Antibodies against Water Buffalo Interferon-gamma
徐贤坤1,熊毅2
2010, 18(3): 610-615  |  Full text (HTML) (1 KB)  |   PDF  (752 KB)  ( 186 )
摘要
将原核表达的重组水牛γ-干扰素成熟蛋白(rGST-BoIFN-γ)以100μg/只剂量免疫8周龄Balb/c小鼠,经5次免疫后,取脾细胞与SP2/0骨髓瘤细胞进行融合,以rHIS-BoIFN-γ蛋白作为检测抗原进行间接ELISA检测,筛选并最终得到了2株能稳定分泌抗体的单细胞克隆株,分泌抗体亚型为IgG1型,轻链为κ链,分别命名为1E4株,4A11株。Western-blot检测显示:2株单克隆抗体与原核表达rHIS-BoIFN-γ蛋白均具有良好的免疫反应原性。将2株单抗进行抗体配对分析,表明其能识别不同的抗原表位,可配对用于抗原检测。
 
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