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生物信息学分析苜蓿全基因组抗病基因和基因扩张现象
赵阳
安徽农业大学生命科学学院生物物理实验室
Genome-Wide Analysis of Disease Resistance Genes andExpansion in Medicago truncatula by Bioinformatics
全文: PDF (1113 KB)   HTML (1 KB) 
输出: BibTeX | EndNote (RIS)      
摘要 摘 要:本研究采用生物信息学方法,利用BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)和HMM(Hidden Markov Model)工具,对蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)全基因组Mt2.0数据中含有核苷酸结合区NBS结构的抗病基因进行了分析,包括NBS基因数量、类型、基因复制、物理位置分析和系统发生学关系分析。结果表明,在苜蓿全基因组中找到469个有NBS结构的抗病基因,其中包括446个标准结构NBS基因、23个非标准结构NBS基因。通过对全基因组内标准NBS类型抗病基因进行物理位置和系统进化树分析,发现苜蓿基因组中抗病基因在进化过程中存在明显的基因复制现象,基因的复制对苜蓿基因组中抗病基因数量扩张起到了重要的作用。
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赵阳
关键词 关键词:苜蓿NBS抗病基因结构域分析生物信息学    
Abstract:Abstract: In research paper, by BLAST(Basic Local Alignment Search Tool) and HMW(Hidden Markov Wodel)analysis,a full set of disease resistance candidate genes encoding nucleotide-binding sites (NBS) in a complete genome(Mt2.0) of Medicago truncatula was identified and characterized by structural diversities, gene duplication,physical positions, phylogenetic relationships. We found 469 NBS-coding sequences which contain 446 regular NBS genes and 23 non-regular NBS genes.Meanwhile, We found significant excesses of duplications in the genome of Medicago truncatula after analysis of NBS standard physical locations and phylogenetic tree .These results suggested that gene duplication played a major role in disease resistance genes expansion .
Key wordsKeywords: Medicago truncatula    NBS    disease resistance gene    domain analysis    bioinformatics
收稿日期: 2009-01-14     
通讯作者: 赵阳   
引用本文:   
赵阳. 生物信息学分析苜蓿全基因组抗病基因和基因扩张现象[J]. , 2009, 17(6): 1062-1069.
链接本文:  
http://journal05.magtech.org.cn/Jwk_ny/CN/     或     http://journal05.magtech.org.cn/Jwk_ny/CN/Y2009/V17/I6/1062
 
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