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2025年8月21日 星期四
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核桃EST-SSR标记的开发
齐建勋1,王克建1,吴春林1,王维霞1,郝艳宾1,冷平2
1. 北京市农林科学院林业果树研究所
2. 中国农业大学农学与生物技术学院
Development of EST-SSR Markers in Juglans regia
全文: PDF (409 KB)   HTML (1 KB) 
输出: BibTeX | EndNote (RIS)      
摘要 从GenBank数据库上公布的5025条核桃(Juglans regia)EST序列中,用SSRHunter软件搜索到485条EST序列中含有540个SSR,SSR出现频率为10.75%,SSR-ESTs检出率为9.7%。利用检出的SSR-ESTs序列设计SSR引物43对,对6个核桃样品、1个黑核桃(J. nigra)样品和1个核桃楸(J. mandshurica)样品进行了PCR扩增,其中40对引物有扩增带,占设计引物的93%,35对引物有多态性,占可扩增引物的87.5%。在有多态性的35对引物中,27对引物在核桃种内有多态性;8对引物在核桃种内无多态性,而在核桃、核桃楸和黑核桃种间有多态性。应用UPGMA方法对检测样品进行聚类分析,结果与传统分类一致。
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齐建勋
王克建
吴春林
王维霞
郝艳宾
冷平
关键词 核桃核桃楸黑核桃ESTSSR标记    
Abstract:Five thousand and twenty five ESTs of Juglans regia from the database of dbEST were screened using SSR-Hunter software, and 540 SSRs in 485 ESTs, accounting for 10.75% of ESTs were mined out. The SSR-ESTs occupied 9.7% of the total number of ESTs. Forty three primer pairs were designed for polymorphism analysis in 6 genotypes of J. regia, 1 genotype of J. nigra and 1 genotype of J. mandshurica. 40 primer pairs showed the amplification, accounting for 93% of designed primers, and 35 primer pairs showed polymorphisms, accounting for 87.5% of primers available. In the polymorphic 35 primer pairs, 27 primers showed polymorphisms in J. regia, the other 8 primers did not display polymorphism in J. regia, but showed polymorphisms among J. regia, J. nigra and J. mandshurica. Cluster analysis of the 8 genotypes was performed by UPGMA method, the result accords with the conventional taxonomy.
Key wordsJ. regia    J. mandshurica    J. nigra    EST    SSR marker
收稿日期: 2008-12-05     
通讯作者: 齐建勋   
引用本文:   
齐建勋1,王克建1,吴春林1,王维霞1,郝艳宾1,冷平2. 核桃EST-SSR标记的开发[J]. , 2009, 17(5): 872-876.
链接本文:  
http://journal05.magtech.org.cn/Jwk_ny/CN/     或     http://journal05.magtech.org.cn/Jwk_ny/CN/Y2009/V17/I5/872
 
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