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2025年8月11日 星期一
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欧洲葡萄碱性螺旋-环-螺旋(bHLH)基因家族密码子使用偏性分析
徐伟荣1,张宁波2,王振平1
1. 宁夏大学
2.
Codon Bias of Basic Helix-Loop-Helix (bHLH) Transcription Factor in Grape(Vitis vinifera)
1, 1,
全文: PDF (855 KB)   HTML (1 KB) 
输出: BibTeX | EndNote (RIS)      
摘要 碱性螺旋-环-螺旋(basic helix-loop-helix, bHLH)转录因子作为植物转录因子最大家族之一,在植物生长发育、胁迫应答和植物次生代谢中具有重要的调控作用。本研究利用CodonW及SPSS等软件,计算和统计分析了欧洲葡萄(Vitis vinifera) bHLH基因家族106条序列密码子的使用模式,并对影响该基因家族密码子组成及编码特点的主要因素进行了探讨。结果表明,bHLH基因家族密码子GC1与GC2之间的相关系数达到极显著水平(P<0.01),GC3与GC1、GC2的相关系数经双尾检验均未达到显著水平(P>0.05);ENC与GC1、GC2和GC3的相关系数分别为0.1439、0.0463和0.1766,均未达到显著水平(P>0.05),ENC和GCtotal的相关系数为0.1989,达到显著水平(P<0.05);确定了19个最优密码子,多以G或C结尾;推测该基因家族密码子的偏性可能是由选择和突变共同影响的。研究结果为深入开展葡萄属(Vitis)植物bHLH基因家族分子进化、表达调控机制和提高该基因家族成员预测的准确性以及进一步应用该基因家族成员进行葡萄抗逆改良等提供了重要的理论依据。
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作者相关文章
徐伟荣
张宁波
王振平
关键词 欧洲葡萄碱性螺旋-环-螺旋(bHLH)基因家族密码子偏性分子进化最优密码子    
Abstract:Basic helix-loop-helix proteins (bHLHs), as one of the largest families of plant transcription factors, play important roles in plant growth development, stress response and secondary metabolism. In this study, the codon usage patterns of 106 bHLH genes from Vitis vinifera were calculated and statically analyzed using CodonW and SPSS, as well as the major influence factors on codon composition and properties were discussed. The results indicated that there was a super significant level (P<0.01) between GC1 and GC2 codons of Vitis bHLH gene family. By two-tailed test, the correlation coefficient of GC3 and GC1 or GC2 was not significantly correlated (P>0.05). The correlation coefficients for ENC with GC1, GC2 and GC3 were 0.1439, 0.0463 and 0.1766, respectively, all of which did not reach the level of significance, and a significant one existed between ENC and GCtotal of 0.1989 (P<0.05) . Nineteen preferred codons were further determined to be bias toward the synonymous codons with G or C, suggesting that selection pressure and mutation may result in the codon bias in grapevine bHLH gene family. These results provide an important theoretical basis for further research on molecular evolution, gene expression regulation mechanism and higher accurate prediction of bHLH gene member, which will be applied in grape resistance improvement.
Key wordsVitis vinifera    basic helix-loop-helix (bHLH) gene family    Codon usage bias    Molecule evolution    Preferred codon
收稿日期: 2013-10-25     
通讯作者: 王振平   
引用本文:   
徐伟荣1,张宁波2,王振平1. 欧洲葡萄碱性螺旋-环-螺旋(bHLH)基因家族密码子使用偏性分析[J]. , 2014, 22(4): 440-448.
1, 1,. Codon Bias of Basic Helix-Loop-Helix (bHLH) Transcription Factor in Grape(Vitis vinifera). , 2014, 22(4): 440-448.
链接本文:  
http://journal05.magtech.org.cn/Jwk_ny/CN/     或     http://journal05.magtech.org.cn/Jwk_ny/CN/Y2014/V22/I4/440
 
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